Профессиональную карьеру начинал в клубе "Анагинниси Арта". Выступал за артанцев с 2003 по 2005 год. За это время за команду сыграл 21 матч, забил 2 мяча.
Летом 2005 года Балафас перешел в ПАОК. Именно в этом клубе Сотирис состоялся как футболист. Выступал за клуб с 2005 по 2012 год. Трижды с командой становился бронзовым и один раз серебряным призером чемпионата Греции, имеет опыт игры в еврокубках (играл против львовских "Карпат" в Лиге Европы и забил один из мячей в ворота львовян). Всего за ПАОК сыграл 123 матча, забил 8 мячей. За время выступлений за "черно-белых" на правах аренды играл за "Яннину" (11 матчей) и "Эрготелис"(8 матчей).
Летом 2012 года Балафас подписал 2-летний контракт с "Говерлой". В украинской Премьер-лиге дебютировал 18 августа 2012 года, в матче "Говерла" - "Мтеаллист" (0:3). Вышел на поле в основном составе, был заменен на 49-й минуте. В сентябре, в кубковом матче против "Гелиоса", забил свой первый мяч за ужгородский клуб. Этот гол принес победу "Говерле" и вывел команду в следующий раунд.
С 2006 по 2009 год Балафас выступал за молодежную сборную Греции, в составе которой сыграл 13 матчей.